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Oficialmente, o Clube Náutico Capibaribe foi fundado em 7 de abril de 1901. Na prática, porém, já existia desde 1898, quando dois grupos adversários de remadores recifenses decidiram unir forças, criando uma só sociedade. Em 1905, foi a vez de os alvirrubros entrarem em campo, estreando no futebol, esporte em que a instituição também se tornou tradicional, sobretudo com o vice-campeonato da Taça Brasil de 1967 e com o hexacampeonato pernambucano, entre 1963 e 1968.
A origem náutica nunca deixou de ter destaque na trajetória do clube. Entre 1905 e 1906, no entanto, ela começou a dividir espaço com o futebol. Foi nessa época que um grupo de ingleses formou a primeira equipe alvirrubra para a modalidade, jogando aos domingos, no campo de Santana ou na campina do Derby. Porém, o primeiro confronto oficial do Náutico só ocorreu em 1909. O início nos gramados, porém, estava longe de ser glorioso, já que o esporte era tratado de forma secundária dentro do clube. Prova disso foi a falta de interesse do clube em se filiar à Liga Recifense de Futebol, criada em 1914. O início oficial só se deu dois anos depois, com a entrada na Liga Sportiva Pernambucana, em 1916
A era profissional do futebol alvirrubro, por sua vez, veio na década de 1930. Em 1934, o clube conquistou o primeiro dos seus 24 títulos pernambucanos, vencendo os rivais Sport e Santa Cruz, por 8 a 1 e 2 a 1, respectivamente, nos últimos jogos do torneio estadual. Dois anos depois, o Náutico adquiriu o terreno em que construiu o Estádio Eládio de Barros Carvalho, mais conhecido como Aflitos (bairro onde se localiza).
O Timbu, mascote adotado pelo clube, tornou-se conhecido nacionalmente na década de 1960. E não foi à toa. A equipe conquistou seis campeonatos pernambucanos consecutivos, de 1963 a 1968. Quase cinquenta anos depois, a marca continua sendo uma exclusividade do Náutico no estado de Pernambuco
Atualmente, o Clube Náutico Capibaribe segue sendo uma das principais instituições esportivas de Pernambuco, com grande importância no futebol nordestino. o Náutico tem investido no aprimoramento de sua estrutura, incluindo melhorias no estádio dos Aflitos e no desenvolvimento de suas categorias de base. Apesar das dificuldades financeiras e administrativas, o clube tem trabalhado para se reerguer. Além disso, o Náutico continua a ser um símbolo de tradição, história e paixão